mysql_install_dbについて
MySQL公式バイナリにはscripts/mysql_install_dbというスクリプトがあって、これはmysqlデータベース（システムテーブル）を生成するのにしようします。通常はダウンロードしてきたtarballを解凍した直後に使用します（これがインストール作業に相当）。
ところがソースからコンパイルした場合には、scriptsフォルダというのは無くて、代わりにbinディレクトリ以下にmysql_install_dbが配置される形となります。しかもこのbin/mysql_install_dbはコンパイル時(configure)の--prefixに依存する内容になっているため、例えば--prefix=/usr/local/mysqlとしてビルドした場合にはこの場所でないと動かないです。
一方、公式バイナリ（これも--prefix=/usr/local/mysqlでビルドされている）はどの場所でもmysql_install_dbスクリプトが動作します。（/home/mir/mysqlとかでもok）
通常、ソースからコンパイルした場合には"./configure&& make && make install"でそのまま動かすかたちになるのであまり影響ないですが、ソースからコンパイルしたMySQLをどこかに持っていこう（配布するとか）とする場合にはこれに引っかかります。
とりあえず簡単な解決法は、公式バイナリのscripts/mysql_install_dbを拝借してしまうこと。とりあえずこれで逃げれます。
ちなみに、、、、
もしかするとscriptだけprefixを変更する方法あったりするのかな。
→ ビルド後にmake_binary_distributionスクリプトを使えば良さげ。
→ 追ってしらべますかね。
